La Tomographie au Museum National d'Histoire Naturelle (MNHN)

17 juin 2025
Reconstruction 3D par tomographie d'un crâne de chien, plateforme AST-RX du MNHN
Crâne de chien numérisé par tomographie

Depuis 2011, la plateforme AST-RX du Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN) numérise de manière non destructive et en 3D la structure interne de spécimens du patrimoine naturel. Pour augmenter sa cadence, elle s'est dotée d'un second tomographe, une Explorer EasyTom S de RX Solutions équipé d'un chargeur d'échantillons : jusqu'à 100 spécimens scannés par jour, à des résolutions allant de 5 µm à plus de 80 µm.


Le Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris, souvent désigné sous le nom de MNHN, fondé en 1793, est l’un des plus anciens et prestigieux centres français dédiés à la recherche scientifique, à la conservation des collections et à la diffusion des savoirs sur la biodiversité et l’évolution des espèces. Avec près de 68 millions de spécimens, ses 2500 collaborateurs travaillent à décoder les secrets de la Terre, de la biodiversité à l’évolution des espèces. 


Cette étude de cas présente comment l’imagerie 3D et plus précisément la tomographie contribuent à la recherche scientifique, à la préservation du patrimoine naturel, à l'exploration des origines de la vie et des écosystèmes terrestres au sein du MNHN.

 

Explorer EasyTom S - MNHNLe projet en bref

ClientMuséum National d'Histoire Naturelle (MNHN), Paris
ÉquipementExplorer EasyTom S 150 kV surnommé ID-FIX, avec chargeur d'échantillons et supports imprimés en 3D
RésolutionsDe 5 µm à plus de 80 µm selon les spécimens
CadenceJusqu'à 100 spécimens par jour
UtilisateursChercheurs du MNHN et d'autres institutions, doctorants et étudiants

Le MNHN, une institution de référence pour la biodiversité

Fondé en 1793, le Muséum national d'Histoire naturelle est l'un des plus anciens centres français dédiés à la recherche scientifique, à la conservation des collections et à la diffusion des savoirs sur la biodiversité et l'évolution des espèces. Ses quelque 2 500 collaborateurs veillent sur près de 68 millions de spécimens et mènent cinq grandes missions : recherche, gestion des collections, enseignement, diffusion des connaissances et expertise pour l'État et de nombreux partenaires publics et privés.

Le MNHN de Paris mène des missions essentielles au service de la connaissance de la nature et de la préservation de la planète. Son action se déploie autour de cinq domaines clés : 
 
  • La recherche scientifique : le MNHN est avant tout un centre de recherche. De la biodiversité à l’évolution, l’anthropologie, la paléontologie, nombreux sont les sujets sur lesquels les chercheurs travaillent.

  • Valorisation, enrichissement, conservation et mise à disposition des collections : le MNHN dispose de l’une des collections naturalistes les plus vaste au monde. Des collections qui s’enrichissent et permettent de mieux comprendre la vie sur Terre.

  • Enseignement et formation : grâce à de nombreux domaines de recherche, l’établissement peut proposer de nombreuses formations. De la formation continue au doctorat.

  • Diffusion des connaissances : vocation à transmettre les savoirs naturalistes, sensibiliser les populations, de nombreuses connaissances sont partagées avec le grand public afin de mieux comprendre le monde qui nous entoure.

  • Expertise : le Muséum assure une mission d’expertise pour l’État français mais aussi pour de nombreux acteurs nationaux et internationaux, aussi bien pour le public que le privé.

Mosaïque d'espèces animales numérisées par tomographie au MNHN
Dissection virtuelle d'un spécimen par tomographie au MNHN

AST-RX : la plateforme de tomographie du MNHN

Le MNHN ne manque pas d'humour : sa plateforme de tomographie s'appelle AST-RX (Accès scientifique à la tomographie par rayons X), et son Explorer EasyTom S a été baptisé ID-FIX. Un clin d'œil à Astérix et Idéfix.
Depuis 2011, AST-RX numérise en 3D les spécimens du patrimoine naturel pour la recherche, la conservation et l'enseignement. Elle accueille les équipes du Muséum, mais aussi des chercheurs d'universités françaises et étrangères. La tomographie leur permet d'explorer de façon non destructive la structure interne d'objets et de spécimens fragiles et précieux, invisible à l'œil nu.

Objectifs de la Plateforme AST-RXLa plateforme AST-RX du Muséum National d'Histoire Naturelle se consacre principalement à la recherche scientifique, à destination des personnels de l’établissement et d’autres universités françaises ou étrangères. La tomographie par rayons X permet :

Dissection virtuelle et étude anatomique

Les chercheurs réalisent des dissections virtuelles et analysent la structure interne de spécimens biologiques ou fossiles sans les altérer. Ils accèdent ainsi à des caractères et à des descriptions impossibles à observer depuis l'extérieur.

Anatomie comparée et modélisation 3D

Les éléments internes complexes, visualisés avec précision, servent à construire des modèles 3D des spécimens, puis à les comparer entre eux pour des analyses approfondies.

Pourquoi le MNHN a choisi l'Explorer EasyTom S ? 

Pour ses projets scientifiques, de restauration et d'enseignement, AST-RX avait besoin d'une  machine capable d'enchaîner rapidement scans et post-traitements, avec un maximum d'automatisation et sans compromis sur la précision . Le MNHN a donc investi dans un second tomographe : l'Explorer  EasyTom S de RX Solutions . Il répond aux besoins de polyvalence, de cadence, de résolution et de confort d'utilisation d'une plateforme qui accueille chercheurs, doctorants et étudiants pour un usage intensif.
Identifier mon besoin en tomographie

Une cadence élevée grâce au chargeur d'échantillons

L'Explorer EasyTom S est équipé d'un chargeur d'échantillons automatique et de supports d'échantillons imprimés en 3D. Associés à une interface logicielle dédiée, ils enchaînent les scans avec un minimum d'interventions manuelles. Au MNHN, chaque spécimen est unique, mais beaucoup présentent des similarités morphologiques : les paramètres de scan peuvent donc être automatisés, ce qui augmente considérablement la capacité de numérisation.

Polyvalence et haute résolution

L'Explorer EasyTom S observe aussi bien des structures fines dans des spécimens fragiles que des objets plus volumineux, avec des résolutions de 5 µm à plus de 80 µm. Le changement de foyer se fait en deux clics, sans longue attente de calibration, et le préchauffage est rapide. La fonction de rechargement des macros permet de sauvegarder puis de réappliquer les mêmes réglages, un atout pour les scans en lots.

Une prise en main rapide pour chercheurs et étudiants

De nombreux chercheurs, doctorants et étudiants utilisent la plateforme. Un tomographe simple à paramétrer et à utiliser fait aussi gagner du temps en formation. BLABLA

applications de la tomographie au MNHN

  • Les Gastéropodes : projet de l’été 2024 – projet innovant où l’intérêt n’est pas d’observer la structure interne, mais de faire de la morphométrie sur la surface des coquilles, pour un grand nombre de spécimens dont la hauteur varie entre 3 mm et 10cm. Pour cela, il a été possible de scanner de manière non destructive jusqu’à 100 gastéropodes par jour grâce au chargeur d’échantillon.

  • Éducation et enseignement : les scans haute résolution permettent de créer des modèles 3D utilisés pour l'enseignement de l'anatomie comparée et pour illustrer la diversité du vivant. Étudiants et doctorants peuvent ainsi explorer la structure interne de spécimens rares ou fragiles, les faire pivoter et les comparer, sans jamais manipuler les originaux des collections.
Tomographie pour la recherche académique et scientifique
  • Conservation et restauration : en lien avec des institutions partenaires comme le Musée de l’Homme, la tomographie a été utilisée pour identifier des fragilités internes invisibles à l’œil nu sur des objets préhistoriques, comme la Vénus de Lespugue. Ces informations précieuses permettent aux restaurateurs de cibler leurs interventions et de garantir la préservation des pièces les plus sensibles.

  • Recherche interne et externe : les chercheurs du MNHN utilisent régulièrement la plateforme pour réaliser des analyses anatomiques comparées, notamment sur des spécimens de mammifères, fossiles, ou objets de référence issus des collections historiques. Les chercheurs d'autres institutions peuvent aussi accéder à AST-RX pour des projets spécifiques.
Échanger avec nos équipes 

Chargeur d'échantillon avec supports en impression 3D
Chargeur d'échantillons 
Radiographie 2D - gaastéropodes
Radiographie 2D d'un lot de gastéropodes
Reconstruction gastéropodes
Reconstruction 3D des gastéropodes dans X-Act

La tomographie, une technologie essentielle au sein du MNHN 

 Le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) poursuit des missions en faveur de la Terre et de l’humanité, parmi lesquelles la numérisation de ses vastes collections au service de la science et de la conservation du patrimoine. La plateforme AST-RX traduit parfaitement cet engagement en permettant aux chercheurs de scanner et d’analyser des spécimens de manière non invasive/destructive, puis de diffuser ces ressources sous forme numérique pour la communauté scientifique et le grand public.
 
Avec l’acquisition d’un second tomographe, l’Explorer EasyTom S de RX Solutions, surnommé ID-FIX, le MNHN a significativement renforcé sa capacité de numérisation. Doté de résolutions ajustables, d’un chargeur d’échantillons automatisé et de macros programmables, l’EasyTom S a permis d’optimiser les flux de travail pour répondre aux besoins élevés de cadence et de précision. Cette solution technique, facile d’accès pour les chercheurs comme pour les étudiants, permet également de centraliser les efforts sur l’analyse des données.
 
Grâce à l'innovation qu’apporte l’EasyTom S, le MNHN a pu :
  • accroître la rapidité et la quantité de numérisations
  • générer des modèles 3D de haute précision,
  • renforcer son engagement pour une science ouverte, accessible et reproductible.
 
En se dotant de cet outil de tomographie puissant, le MNHN démontre comment la technologie par rayons X peut répondre aux exigences actuelles de la recherche scientifique, de l’enseignement et de la valorisation des collections, tout en renforçant la mission de partage des connaissances pour les générations futures.

mnhn-oiseau_reconstruction
Reconstruction 3D d'un poisson-chat
Reconstruction 3D d'un coléoptère

Gammes et plateformes pour la tomographie

Chez RX Solutions, nous proposons 3 gammes de tomographes : gamme Explorer, Nano ou Force. Ces gammes peuvent ensuite être personnalisées par nos Series, afin de matcher vos applicatifs et contraintes métier. Pour les contraintes de production, vous avez la FAB Series et pour les mesures dimensionnelles, la Metrology Series. 


Gammes
EXPLORER
NANO
FORCE
Plateformes
EasyTom S
EasyTom L
EasyTom XL
EasyTom B
EasyTom L
EasyTom XL
UltraTom
EasyTom L
EasyTom B
Series
Metrology Series



Fab Series





Performances
Résolution
        
        
        
        
        
        
        
        
        
Densité de l'échantillon
        
        
        
        
        
        
        
        
        
EXPLORER EasyTom S
Series
Metrology Series   
Fab Series   
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           
EXPLORER EasyTom L
Series
Metrology Series   
Fab Series   
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           
EXPLORER EasyTom XL
Series
Metrology Series  — 
Fab Series   
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           
EXPLORER EasyTom B
Series
Metrology Series  — 
Fab Series  — 
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           
NANO EasyTom L
Series
Metrology Series   
Fab Series  — 
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           
NANO EasyTom XL
Series
Metrology Series  — 
Fab Series  — 
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           
NANO UltraTom
Series
Metrology Series   
Fab Series  — 
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           
FORCE EasyTom L
Series
Metrology Series   
Fab Series  — 
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           
FORCE EasyTom B
Series
Metrology Series   
Fab Series  — 
Performances
Résolution           
Densité de l'échantillon           



Découvrir les 3 gammes RX Solutions : Force - Explorer et Nano

Pièce dentaire scannée par micro-tomographie Explorer Pièce aérospatiale en fabrication additive métallique 

EXPLORER

Micro-tomographie polyvalente

2 µm RÉSOLUTION
300 kV TENSION SOURCE
< 1 µm VOXEL MIN.

Révélez l'invisible à l'échelle micronique.

Accédez aux microstructures, porosités et interfaces les plus fines grâce à une résolution jusqu'à l'échelle nanométrique.

Plateformes Easytom S · Easytom L · Easytom XL · EasyTom B
 Découvrir la gamme Explorer      
Structure microscopique analysée en résolution nanométrique Sciences du vivant, Bois

NANO

Analyse nanométrique

250 nm RÉSOLUTION
160 kV TENSION SOURCE
30 nm VOXEL MIN.

Révélez les plus petits détails avec une précision nanométrique.

Résolutions nanométriques pour caractériser microstructures, porosités et interfaces à une échelle impossible à atteindre par microscopie optique.

Plateformes Easytom L · Easytom XL · Ultratom
 Découvrir la gamme Nano      
Composant électronique inspecté par tomographie haute énergie Force Injecteur en fabrication additive Titane 

FORCE

Solution haute énergie

4 µm RÉSOLUTION
450 kV TENSION SOURCE
250 kgs Pièce jusqu'à

Voyez à travers les matériaux les plus denses.

Inspectez les pièces métalliques épaisses, assemblages complexes et composants fortement absorbants avec une qualité d'image optimale..

Plateformes Easytom L · Easytom B
 Découvrir la gamme Force      


Comment bien identifier mon besoin en tomographie

 


Echanger sur mon besoin en micro-tomographie

Le site est protégé par reCAPTCHA et les Règles de Confidentialité et Conditions d'utilisation de Google s'appliquent.